Au sujet de la directive "logiciels" (breviatis causa, ce terme est impropre puisqu'elle semble exclure expressément les logiciels), un débat est apparu sur l'éventuelle illégalité de l'adoption par le Conseil du 7 mars 2005 de sa position commune.
Le lièvre a été levé par la FFII (Association pour une infrastructure informationnelle libre, Foundation for a Free Information Infrastructure en anglais), association qui n'est certes pas neutre en la matière.